Tüm ekzom dizileme (WES), genomun protein kodlayan bölgelerini (yaklaşık 20.000 gen) yeni nesil dizileme ile tek testte inceleyen genetik analizdir. Ekzom genomun yalnızca %1–2'sini oluşturur, ancak bilinen hastalık yapıcı varyantların büyük çoğunluğu bu bölgede yer alır. Nadir ve kalıtsal hastalıklarda, hedefli panellerin yanıt vermediği durumlarda tercih edilir.
Ekzom nedir, neden yeterli olur?
Genlerin protein üretimini yöneten bölümlerine ekzon, bütün ekzonların toplamına ekzom denir. Ekzom, 3 milyar baz çiftlik genomun yalnızca küçük bir bölümüdür; ancak tek gen hastalıklarına yol açan bilinen varyantların çoğunluğu burada bulunur. Bu yüzden ekzom dizileme, tüm genomu okumadan tanısal verimin büyük bölümünü sağlar.
Lue GEN'de ekzom testleri kan örneğinden çalışılır. Dizileme sonrası veriler hastanın klinik bulgularına (fenotip) göre filtrelenir; aday varyantlar ACMG kurallarına göre sınıflandırılır ve rapor klinik genetik uzmanı yorumuyla hazırlanır.
Kimler için uygundur?
Tüm ekzom dizileme, özellikle birden fazla sistemi etkileyen ya da tanı yolculuğu uzamış hastalarda ilk basamak test olarak önerilir:
- Açıklanamayan gelişimsel gecikme, zihinsel yetersizlik ya da otizm spektrum bulguları
- Epilepsi, nöromüsküler hastalık, kalıtsal kardiyomiyopati ve aritmiler
- Doğumsal anomaliler, metabolik hastalık şüphesi, nadir hastalık öyküsü
- Hedefli panellerin ya da mikrodizi analizinin sonuç vermediği durumlar
- Tekrarlayan gebelik kaybı, infertilite ve çekinik hastalıklar için taşıyıcılık taraması
- Ailede tanımlanamayan, kuşaklar boyu tekrar eden bir hastalık
Tanı oranı ne kadar?
Klinik ekzom dizilemenin ilk büyük serisinde (250 hasta) hastaların %25'ine moleküler tanı konulmuştur1. Daha sonra yayımlanan ve 37 çalışmayı bir araya getiren meta-analizde çocuklarda tanı oranı ekzom dizilemede %36, genom dizilemede %41, kromozomal mikrodizide ise %10 olarak hesaplanmıştır2.
Oran, hastanın bulgularına ve analizin anne-babayla birlikte yapılıp yapılmadığına bağlıdır. Trio analizi (hasta + anne + baba) yeni oluşan (de novo) varyantları doğrudan ayırt ettiği için tanı oranını yükseltir ve yorumu hızlandırır; Lue GEN'de ExoSeq® Trio bu amaçla sunulur.
Panel, ekzom ve genom: hangisi ne zaman?
| Hedefli panel | Tüm ekzom | Tüm genom | |
|---|---|---|---|
| Kapsam | Belirli bir hastalık grubuyla ilişkili genler (ör. ExoSeq® Cardio 784 gen) | ~20.000 genin kodlayan bölgeleri | Kodlayan ve kodlamayan bölgelerin tamamı |
| Ne zaman? | Klinik tablo belirli bir sisteme işaret ediyorsa | Bulgular çok sistemli ya da belirsizse | Ekzom sonuç vermediyse; yapısal ve derin intronik varyant şüphesi |
| İkincil bulgu | Sınırlı | Olası; ACMG listesine göre isteğe bağlı raporlanır | Olası |
| Süre | 4–6 hafta | 6 hafta | 4–6 hafta |
| Lue GEN testi | ExoSeq® organ sistemi panelleri | ExoSeq® Comp / Duo / Trio | WholeSeq® Comp |
Rapor ne içerir, ikincil bulgu nedir?
Rapor, klinik bulgularla ilişkili patojenik ve olası patojenik varyantları, gerektiğinde VUS'ları ve kalıtım biçimini açıklar. Ekzom gibi geniş testlerde, aranan hastalıkla ilgisi olmayan ama tıbbi olarak önemli bulgular da ortaya çıkabilir; bunlara ikincil bulgu denir. ACMG, kalıtsal kanser ve kalp hastalıkları gibi önlenebilir durumlarla ilişkili bir gen listesinin isteğe bağlı raporlanmasını önerir. Bu bulguları öğrenmek isteyip istemediğinize test öncesinde siz karar verirsiniz.
Süreç ve süre
Ekzom testleri klinik genetik uzmanı ya da ilgili branş hekimiyle birlikte planlanır; randevu talebinizi bıraktığınızda ekibimiz doğru testi belirlemenize yardımcı olur. Kan numunesi Akasya Anlaşmalı Klinikler'de alınır; trio analizlerinde anne ve babadan da örnek alınır. Raporlar genellikle 6 haftada hazırlanır. Ham veriler saklanır; ileride yeniden analiz (re-analiz) istenebilir, çünkü gen-hastalık ilişkileri her yıl genişler.
Ekzom dizileme hakkında sorular
Ekzom yerine doğrudan tüm genom yaptırmak daha iyi değil mi?
Genom, ekzomun göremediği yapısal ve intronik varyantları yakalar; ancak çoğu klinik soruda ekzom yeterlidir, daha kolay yorumlanır ve daha uygun maliyetlidir. Ekzom sonuç vermediyse ya da özel bir şüphe varsa genom (WholeSeq® Comp) ikinci basamak olarak planlanır.
Sonuç negatif çıkarsa hastalığım genetik değil mi?
Negatif ekzom, bilinen genlerde açıklayıcı bir varyant bulunmadığını gösterir; hastalığın genetik olmadığını kanıtlamaz. Yeni gen-hastalık ilişkileri tanımlandıkça verilerin yeniden analizi ya da genom dizileme önerilebilir.
Çocuğum için test anne-babadan da örnek gerektirir mi?
Zorunlu değildir; ancak trio analizi tanı oranını yükseltir ve yorumu hızlandırır. Hekiminiz klinik tabloya göre tekli, ikili (duo) ya da üçlü (trio) analiz önerir.
Taşıyıcılık taraması için hangi test uygun?
ExoSeq® CS, ekzom altyapısıyla çekinik kalıtılan hastalıklar için taşıyıcılık durumunu tarar. Evlilik öncesi ya da gebelik planlayan çiftlerde her iki eşin birlikte değerlendirilmesi önerilir.